生产组织方式的冲突
为保证公司利润持续提升，生产车间各工序追求更高的生产效率、物流搬运效率，希望大批量的生产及搬运。市场客户及销售希望尽快的交货，更快的订单响应周期，希望用更小的加工批量，当完成一件产品加工后，不要停止立即传递给下一工序，直至到客户手中，这时大批量与小批量形成冲突。
为保证公司利润持续提升，生产车间各工序追求更高的生产效率，更低的制造成本，倾向于设备连续生产，不要经常的更换模具、产品。销售希望更及时的交付，满足市场客户的需求，因此有希望当客户有需求时就要立即更换模具。这时模具的更换与不更换形成冲突。
为保证公司利润持续提升，生产部为防止订单无法及时交付，希望公司预备更多的原材料、半成品、成品库存，一旦有订单后立即可以生产发货。而公司运营需要降低成本 ，防止无效库存的货损、报废，因此倾向采取压缩一切库存的行动。这时保有库存与减少库存发生冲突。
为保证公司利润持续提升，生产部各车间为提高工序的生产效率，倾向将同类订单一起加工，以减少切换，降低损耗。而生产计划必须按客户订单的先后次序、紧急程度来安排计划，下单至生产车间。这时集中生产与分批分次生产，发生冲突。
为保证公司利润持续提升，生产车间各工序追踪生产效率更高，希望设备、人员不要休息，而计划部为控制半成品及成品库存，在没有订单或客户需求下，希望个别不紧急的工序停止下来。这时每个工序都要不停生产与没有订单需求就要停产冲突。
产品开发部的冲突
为保证公司利润持续提升，产品开发部为了保证市场竞争中持续获胜，倾向开发新品应对市场竞争。而同时为了提高现有客户的满意度，必须关注现有客户当下的需求。这是开发新品与关注老客户需求发生冲突。
为保证公司利润持续提升，产品开发部需尽快完成新产品的开发任务，在项目及手头工作任务选择时，倾向选择新开发的项目。而为了保障现有开发项目不被延误，在选择项目时，以推迟新开发项目启动为前提。这时启动更多新项目与推迟新项目启动发生冲突。
生产运营分工后的核心突破！
为保证公司利润持续提升，希望提高每个岗位、工序的能力，因此选择对个别工序效率进行评价、考核、激励，有时甚至排名。同样了为保障各部门相互合作，共同攻克跨部门重大难题，公司应放弃对个别工序效率评价的作法。这时对个别工序进行评价与不评价产生冲突。
同理，升华为为保证公司利润持续提升，公司希望提升每个岗位、工序的能力，因此选择部分最优的管理方式，同样了为保障公司效率提升，需各大家相互合作完成工作，一起解决重大问题，公司必须采取全体最优的管理方式。这是局部最化与整体最优产生冲突。
如何化解生产运营中的问题与冲突？
TOC发明者高德拉特博士，在他的《目标》提出了”有效产出会计“概念，有效的规避了传统成本会计的一些弊端，他在不同场合不遗余力地宣扬传统会计是“生产力的敌人”这一观点。
有效产出会计与传统成本会议的差异：
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有效产出会计认为，只有销售完成才可计为收入，而成本会议只要生产加工后，即可纳入成本核算分摊。因此会鼓励加大无效生产，增加库存的同时，摊薄生产成本；
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有效产出会计认为，系统的产出由瓶颈决定，而成本会计的假设所有工序是一样的重要，从而导致了成本会计经常出现决策失误。
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有效产出会计认为，企业系统的能力，不取决于企业各价值链条“强度”，加强其它非瓶颈环节的强度，对企业总强度无效，而成本会议以链条的“重量”为衡量标准，加强每个链条的强度，均可增强企业价值。
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TOC有效产出理念，强调整体目标最大化，不追求非瓶颈工序的高效生产。
T: 有效产出(Throughput,T)，售价–材料成本（材料成本含外包成本）OE: 营运费用(OperatingExpense）组织产生T所需的钱，它是公司的经常开支，即使不开工，也必须支付(如薪资，租金，折旧等等)。
I:投资在组织上的钱，可以是资产也可以是负债(例如存货，应收帐款，机器设备等等)
成本世界 与 有效产出世界的冲突
因现代企业内部组织化分工，将完整的产品、服务，交由多个不同部门、岗位分工完成，其完整的产品价值链被人为的分割成几个部分，分工产生效率的同时，又不失损失整体的利益，也就是合工（组织）要解决的问题。当企业未认清这个问题，并过于强调、追求局部效率情况下，极易损失掉企业的整体效益，这就是局部效率与整体效益的冲突。这个冲突，若得不到充分认识，并站在顶层整体的视角来应对，将很难由局部自行来解决，会进一步演变成更为复杂的问题。
解决之道：一、放弃追求局部成本最低，转换为有效产出理念，在所有投资、订单承接、费用控制决策时，始终依整体利益最大化做出判断。二、针对各冲突寻找双赢的“第三选择”举措来化解冲突，营造共同识别核心问题，聚焦瓶颈突破，集体行动持续改善的氛围。三、规避、减少组织分工时价值链的割裂；四、避免过于追求局部效率最大化的激励政策。